Vườn quốc gia bao gồm miền ven biển mạn tây Flores, với ba đảo lớn Komodo, Padar và Rinca, cùng 26 đảo nhỏ hơn. Các hòn đảo đều có nguồn gốc núi lửa. Địa hình khá gồ ghề, nhiều đồi,[3] với độ cao có thể đạt 735 m.[2] Khí hậu ở đây thuộc loại khô nhất Indonesia với lượng mưa hàng năm từ 800 đến 1000 mm. Nhiệt độ trung bình mùa khô (tháng 5-10) là chừng 40 °C.[3]